ネウロイに対抗するため、各国は科学技術の向上に邁進し、ウィッチのジェット化と軍備の近代化を進め、多くの核戦力を持つに至る。

1955年、東オラーシャに巨大な巣が現れた。総力戦も虚しく戦線崩壊の末に核兵器を使用し、人質となっていたオラーシャ国民ごと巣を焼き払い1967年に戦争が終結した。

最後まで自国領への核攻撃に反対したオラーシャと核弾頭ミサイルの発射元であるリベリオン合衆国はそれぞれの支持国と共に東西で対立し、最終手段として他国への核攻撃を厭わない冷戦状態へと陥る。

1979年、ネウロイの巣と共に黒色のウィッチが出現し、各国の軍施設とウィッチへの襲撃を始めた。ネウロイの襲撃は東西に関わらず発生したが、黒のウィッチによる同族狩りはオラーシャの関与が疑われ、冷戦はかつてない緊張度に達する。神出鬼没のネウロイと黒のウィッチに対して高い練度の遊撃部隊を必要とした各国は再びかつての501の名を冠する航空団を創設した。オラーシャも疑惑を払拭するためにウィッチを同部隊へと派遣する。いがみ合いながらもウィッチ達は戦いを生き残るために互いに手を取り信頼を深めてゆく。

黒のウィッチの正体と目的は何か。ネウロイを撃退し冷戦を終結させる事ができるのか。人同士の争いが生み出した混乱の中に彼女たちは身を投じていく。